В начале XVII века тибетский буддизм из Монголии проник на север к бурятским поселениям Забайкалья. В 1741 году императрица Елизавета Петровна издала указ, согласно которого в Бурятии признавалось существование ламаистской веры и утверждены 11 дацанов и 150 штатных лам. Эта дата считается датой официального признания буддизма в России. При дацанах открыли школы, печатались книги. В XVIII веке тибеткий буддизм из Монголии попал также к тюркскому населению Тувы. В Туве буддизм мирно сосуществовал с местной традицией шаманизма: в одних случаях люди обращались к шаманам, а в других — к буддийским священникам. Когда предки калмыков отделились от ойратов Джунгарии в начале XVII века и переместились в район между Волгой и Доном к северу от Каспийского моря, они принесли с собой традиционный тибетский буддизм. Глава калмыцкского буддизма назначался царем и именовался Лама калмыцкого народа. Его резиденция располагалась в Астрахани, и он был совершенно независим от монголов. Духовное руководство калмыкии получали непосредственно из Тибета.

К 1846 году в Бурятии было выстроено уже 34 дацана. Затрачивая массу усилий и материальных средств, буряты сумели импортировать из Тибета, Китая, Монголии громадное количество сокровенной литературы и перенять многие традиции буддизма. После ликвидации в конце XVIII века Калмыцкого ханства "калмыц степь" превратилась в один из администивно-территориальных районов царской России. Согласно Высочайшему утверждению Положения об управлении калмыцким народом, принятому в 1834 году, буддийская церковь была полностью подчинена царской администрации. В связи с развитием международных связей России на востоке, и в частности для установления прямых связей царского правительства с теократическим правительства Монголии и Тибета, в Петербурге, столице Российской империи, строится буддийский храм на средства главы тибетских буддистов Далай-ламы. После Октябрьской революции в России началась борьба как против шаманистов, так и против буддистов. В 1931 г. монгольские и калмыкские виды письменности были заменены латиницей, а в 1939 году — кириллицей. С 1927 по 1938 год все 47 дацанов и дуганов, существовавшие ранее в Прибайкалье и Бурятии, были закры и разрушены.

В Калмыкии за период 1917–1937 гг. было ликвидировано 79 хурулов. Упразднение в 1943 году калмыцкой автономии и выселение калмыцкого народа в Сибирь сняло сам вопрос о сущестовании храмов и буддизма в Калмыкии. В Тыве, как и в Калмыкии с 1930 года, все храмы были сожжены дотла. С начала перестройки в Советком Союзе под эгидой Центра духовного управдения буддистов СССР официально регистрировалось множество буддийских групп. Началось восстановление разрушенных монастырей в Забайкалье, Калмыкии и Туве. Санкт-Петербургский монастырь возвращен буддийской общине и отремонтирован.

В конце 60-х, 70-х годов в Россию на волне проникновения восточных оккультных учений значимое место занял буддизм и его японский вариант — дзен буддизм. Это течение стало привлекать интеллигенцию, университетские круги, людей, изучающих восточную культуру и языки. После распада СССР число сторон этого течения значительно расширилось. В Петербурге к концу 1992 года были зарегистрированны официально 4 буддийские общины.